Głównym i najważniejszym przeciwwskazaniem do stosowania leku Fluoksetyna EGIS jest nadwrażliwość na jakąkolwiek substancję zawartą w preparacie.
Nie powinno się stosować fluoksetyny u pacjentów, którzy stosują leki przeciwdepresyjne będące nieselektywnymi inhibitorami monoaminooksydazy oraz u pacjentów leczonych metoprololem z powodu niewydolności serca.
Powinno zachować się szczególną ostrożność podczas leczenia fluoksetyną jeśli u pacjenta występują choroby serca i predyspozycje do zaburzeń rytmu serca np. wydłużenie odstępu QT, hipokaliemia, hipomagnezemia oraz leczenie preparatami leczniczymi wydłużającymi odstęp QT.
Przy połączeniu fluoksetyny z innymi lekami serotoninergicznymi trzeba zachować szczególną ostrożność, ze względu na większe ryzyko wystąpienia zespołu serotoninowego.
U pacjentów, u których w przeszłości występowały epizody manii lub hipomanii, fluoksetynę należy stosować ostrożnie.
Jednocześnie stosowane leki przeciwzakrzepowe i inne leki zwiększające ryzyko krwawienia (np. kwas acetylosalicylowy) wymagają zachowania ostrożności przy jednoczesnym stosowaniu fluoksetyny.
Należy unikać stosowania leku Fluoksetyna EGIS u osób z niestabilnymi drgawkami i padaczką.
Jeśli u pacjenta występuje cukrzyca może zajść potrzeba modyfikacji leczenia przeciwcukrzycowego podczas leczenia fluoksetyną ze względu na możliwość wystąpienia epizodów hipoglikemii.
Ze względu na zawartość laktozy jako substancji pomocniczej w leku Fluoksetyna EGIS preparat ten nie powinien być u pacjentów cierpiących na rzadko występującą dziedziczną nietolerancję galaktozy, brak laktazy lub zespołem złego wchłaniania glukozy-galaktozy.
Jeśli u pacjenta występują choroby wątroby należy rozważyć zmniejszenie dawki lub rzadsze stosowanie fluoksetyny np. co drugą dobę.