Doksycyklina może wpływać na działanie innych, stosowanych jednocześnie leków, jak również stosowane przewlekle leki mogą osłabiać działanie i skuteczność antybiotykoterapii. Należy zwrócić uwagę na możliwe wystąpienie interakcji między lekami stosowanymi w jednym czasie.
Leki zobojętniające sok żołądkowy zawierające jony glinu, wapnia i magnezu oraz preparaty zawierające jony żelaza, cynku i bizmutu zmniejszają wchłanianie doksycykliny. Tego typu leki i pokarmy należy przyjmować w odstępie co najmniej 2 h od przyjęcia doksycykliny.
Dokscycyklina może zmniejszać skuteczność i działanie bakteriobójcze innych antybiotyków np. penicylin.
Jeśli pacjent przyjmuje przewlekle leki przeciwzakrzepowe (pochodne kumaryny) lub przeciwcukrzycowe (pochodne sulfonylomocznika), podczas antybiotykoterapii doksycykliną należy kontrolować glikemię oraz parametry krzepnięcia. Doksycyklina nasila działanie tych leków - może być konieczna redukcja dawki doustnych leków przeciwcukrzycowych oraz przeciwzakrzepowych.
Doksycyklina nasila nefrotoksyczność metoksyfluranu. Nie należy stosować znieczulenia ogólnego z wykorzystaniem tego leku podczas antybiotykoterapii.
Doksycyklina nasila toksyczność cyklosporyny. Podczas jednoczesnego podawania doskycykliny i cyklosporyny, konieczne jest monitorowanie stężenia cyklosporyny we krwi.
Skuteczność antykoncepcyjnych środków hormonalnych może być zmniejszona podczas jednoczesnego stosowania doksycykliny. Konieczne jest stosowanie dodatkowej, niehormonalnej formy antykoncepcji w czasie antybiotykoterapii, by uchronić się przed niechcianą ciążą.
Przy jednoczesnym podawaniu doksycykliny z lekami indukującymi enzymy mikrosomalne działanie tego antybiotyku może być osłabione. Leki takie jak m.in. rifampicyna, fenytoina, barbiturany, karbamazepina przyspieszają metabolizm doksycykliny. Jeśli pacjent przewlekłe stosuje wymienione leki, może być konieczne zwiększenie dobowej dawki doksycykliny.
Częstotliwość występowania działań niepożądanych ze strony układu pokarmowego może być zwiększona podczas jednoczesnego przyjmowania doksycykliny i teofiliny.